مناقشه میان شمال و جنوب از سال ۱۹۵۵ میلادی تا سال ۲۰۰۵ میلادی، منجر به دو جنگ داخلی و جان‌باختن دست‌کم ۲ میلیون نفر شده‌است.
ریشه این جدایی به جنگ‌های داخلی سودان باز می‌گردد. جنگ‌های داخلی سودان تنها مربوط به دوران جدید سودان (روی کار آمدن صادق المهدی و عمر البشیر) نمی‌شود و این جنگ‌های در زمان جعفر نمیری آغاز شد. پس از سرنگونی نمیری و استمرار جنگ داخلی، عمر البشیر درسال ۲۰۰۵ زیر فشارهای ناشی از جنگ و فشارهای بین‌المللی به قرارداد صلحی با شورشیان جنوب تن در داد.
دولت سودان بر طبق توافق‌نامهٔ صلحی که در ۹ ژانویه ۲۰۰۵ در کنیا امضا شد و به جنگ داخلی دوم سودان پایان داد، به بخش جنوبی سودان این حق داده شد که بین اتحاد با بخش شمالی یا استقلال کامل از آن، یکی را انتخاب کند.
بر اساس این توافقنامه قرار شد در ژانویه ۲۰۱۱ یک همه‌پرسی برای تعیین تکلیف قسمت جنوبی برگزار شود.
در ‏۹ ژانویهٔ ۲۰۱۱ مردم جنوب سودان برای شرکت در یک همه پرسی درباره استقلال از بخش شمالی این کشور، به پای صندوق‌های رای رفتند. نتیجهٔ همه‌پرسی به نفع استقلال جنوب سودان شد، کشور جدید آفریقایی روز نهم ژوئیه ۲۰۱۱، یعنی درست شش سال پس از معاهدهٔ صلح، تاسیس شد و کییر رئیس جمهور آن کشور مستقل شد.

با پذیرش این همه‌پرسی از سوی کشور مادر، جمهوری سودان جنوبی به عنوان پنجاه و پنجمین کشور در قاره آفریقا، یکصد و نود و ششمین کشور جهان و یکصد و نود و سومین کشور عضو سازمان ملل متولد شد.

تشکیل رسمی کشور سودان جنوبی
استقلال کشور سودان جنوبی در ساعت ۲۱:۰۰ روز شنبه ۱۸ تیر ۱۳۹۰ (۸ ژوئیه ۲۰۱۱) به طور رسمی اعلام شد.
به دنبال اعلام رسمی تشکیل کشور سودان جنوبی هزاران نفر در خیابان‌های جوبا پایتخت این کشور به شادمانی پرداختند.
سالوا کر مایاردیت (Salva Kiir Mayardit) (زادروز ۱۹۵۱) رییس جمهور کشور سودان جنوبی است.
سودان جنوبی نیز مانند هر کشور تازه استقلال یافته‌ای با مشکلات امنیتی، اقتصادی و اجتماعی دست و پنجه نرم می‌کند. فقدان زیرساخت‌های لازم برای توسعه، ناکارآمدی سامانه اداری به دلیل کمبود نیروی انسانی تحصیل‌کرده، ادامه اختلافات با شمال در مورد مرزها به‌ویژه در مناطق نفتی، وجود گروه‌های مسلح شورشی که از جانب شمال حمایت می‌شوند از مشکلاتی است که سودان جنوبی با آن روبرو است.