Les plus anciennes traces de peuplement des Comores datent du 6ème siècle. Il s’agissait probablement de peuples Bantous en provenance d’Afrique continentale. Les premières communautés musulmanes, des marchands arabo-persans, seraient arrivées dans les îles autour du 9ème siècle. A partir de cette période, les Comores sont surnommées « îles des sultans batailleurs » en raison des nombreuses disputes qui déchirèrent l’archipel jusqu’à son passage sous protectorat français, en 1841 pour Mayotte et 1866 pour Anjouan, Grande Comore et Mohéli.
En 1974, à la demande des Comoriens, la France organise un référendum qui déterminera l’avenir du pays : alors que trois îles votent massivement pour l’indépendance (95%), Mayotte choisit au contraire de rester française, à 65%. Craignant alors de perdre Mayotte, l’Anjounais Ahmed Abdallah proclame le 6 juillet 1975 l’indépendance des Comores, décision unilatérale à laquelle la France répond par la loi du 31 décembre 1975 qui prend acte de la décision des îles Grande Comores, Mohéli et Anjouan de sortir de la République Française. Le décret prévoit également l’organisation d’un nouveau référendum à Mayotte : en 1976 les Mahorais votent à nouveau pour le maintien de leur île au sein de la République.
Depuis leur indépendance, les Comores ont vécu une trentaine de coups d’Etat et plusieurs crises indépendantistes. La cessassion de Mohéli en 1996 puis d’Anjouan en 1997 déboucheront en 2001 sur les « Accords de Fomboni » et l’adoption d’une nouvelle constitution accordant une très grande autonomie à chaque île. En 2008, une nouvelle crise à Anjouan pousse l’Union Africaine à intervenir en envoyant près de 1000 soldats tanzaniens et soudanais, avec l’appui logistique français. En 2010, l’élection d’un Président mohélien, Ikililou Dhoinine, a permis de préserver le fragile équilibre politique mais les tensions entre les îles demeurent.