Période portugaise
Les navigateurs portugais sont les premiers Européens à explorer le golfe de Guinée, en 1471. C’est à cette date que Fernando Po relève l’emplacement de l’île de Bioko pendant qu’il recherche la route des Indes. Les îles restent aux mains des Portugais jusqu’en mars 1778 quand elles sont cédées à l’Espagne lors du traité d’El Pardo. L’Espagne obtient également à cette occasion les droits de libre commerce sur la côte du golfe de Guinée entre le Niger et l’Ogooué, en échange de la colonie de Sacramento. La Guinée équatoriale fait dès lors partie du vice-royaume de La Plata, jusqu’à ce que celui-ci disparaisse avec les indépendances américaines, en 1810.

Période espagnole
Le 17 avril 1778, le comte d’Arjelejo débarque sur l’île de Bioko pour prendre possession des territoires du golfe de Guinée au nom de l’Espagne, mais il y meurt quatre mois plus tard. Le second gouverneur est Fernando Primo de Rivera. Les Britanniques occupent l’île de Bioko entre 1827 et 1832 pour lutter contre le trafic d’esclaves. Ils fondent Port Clarence - que les Espagnols appellent par la suite Santa Isabel, devenue Malabo, capitale actuelle de la Guinée équatoriale. Ils reviennent dans la région en 1840 après avoir proposé en vain d’acheter l’île à l’Espagne. En mars 1843, une expédition commandée par Juan José Lerena y Barry hisse le drapeau espagnol à Santa Isabel pour réaffirmer les droits de son pays sur ce territoire. Le 13 septembre 1845, une ordonnance de la reine d’Espagne Isabelle II autorise les Noirs et les mulâtres de Cuba qui le désirent à venir s’installer en Guinée équatoriale.

De la colonie espagnole à l’indépendance
Les territoires insulaires et continentaux sont réunis en 1926 sous le nom de colonie de Guinée espagnole. Les royaumes tribaux s’effondrent tandis que l’administration coloniale renforce son autorité. En 1959, les territoires espagnols du golfe de Guinée acquièrent le statut de province espagnole d’outre-mer, semblable à celui des provinces de métropole. La loi du 30 juillet 1959 leur donne la dénomination officielle de Région équatoriale espagnole - région qui est divisée en deux provinces
Fernando Poo et Río Muni ; elle est administrée par un gouverneur général qui exerce tous les pouvoirs civils et militaires. Le 15 décembre, le gouvernement espagnol soumet à référendum un projet d’autonomie approuvé à une écrasante majorité. Les territoires adoptent donc le nom de Guinée équatoriale.

La Guinée Equatoriale indépendante
En mars 1968, sous la pression des Nations unies et des nationalistes guinéens, l’Espagne annonce qu’elle s’apprête à accorder son indépendance à la Guinée équatoriale. Une convention constituante rédige une loi électorale et un projet de constitution. Après la fin de la deuxième phase de la Conférence constitutionnelle (qui a eu lieu du 17 avril au 22 juin 1968), la population est consultée par référendum le 11 août 1968 pour l’adoption d’une constitution, sous la surveillance d’observateurs des Nations unies. Le 22 septembre ont lieu les premières élections présidentielles remportées par Francisco Macías Nguema ; L’indépendance est officiellement proclamée le 12 octobre 1968 ; Le nouvel État prend le nom de République de Guinée équatoriale. Macías concentre rapidement tous les pouvoirs. En mai 1971, une grande partie de la constitution est abrogée, et en juillet de l’année suivante, il s’autoproclame président à vie. En 1973, il promulgue une nouvelle constitution, qui crée un État unitaire, abolissant le statut antérieur de fédération entre Fernando Poo et Río Muni. Macías mène une répression implacable contre ses opposants politiques. Le 3 août 1979, il est renversé par un coup d’État, à l’instigation de son neveu, le colonel Teodoro Obiang Nguema Mbasogo. L’ancien dictateur est jugé et exécuté. Une nouvelle constitution (la troisième de l’histoire du pays) est promulguée après avoir été approuvée par référendum le 15 août. Peu après, en 1984, la Guinée équatoriale adhère à la Communauté économique et monétaire de l’Afrique centrale (CEMAC), et adopte le franc CFA. Des élections législatives à liste unique ont lieu en 1983 et 1988. En 1987, le président Obiang annonce la formation du Parti démocratique de Guinée équatoriale (PDGE) dans la perspective de l’élection présidentielle de 1989 qu’il gagne. A l’issue des élections présidentielles de décembre 2002, remportées avec 97% des suffrages, le président a constitué un gouvernement d’unité nationale regroupant le parti présidentiel et quelques partis dits « d’opposition ». Les élections présidentielles le 29 novembre 2009 ont consacré la réélection du Président Obiang par une majorité écrasante (95,37%).