Ancienne colonie italienne, la Somalie accède à l’indépendance le 1er juillet 1960 et fusionne avec l’ancien protectorat britannique du Somaliland, indépendant depuis le 26 juin 1960. Après une décennie semi-démocratique, un groupe de militaires, conduit par le général Mohammad Siyad Barre, prend le pouvoir en octobre 1969 et proclame la République Démocratique de Somalie. Barre, soutenu par l’URSS, déclare en 1970 le « socialisme scientifique » doctrine d’Etat. La guerre de l’Ogaden en 1977-1978 amène l’armée somalienne aux portes d’Addis Abeba. L’Ethiopie est sauvée par le soutien soviétique, ce qui pousse les Etats-Unis à soutenir la Somalie à leur tour, entraînant ainsi un spectaculaire renversement d’alliances dans la Corne (l’Ethiopie était un allié des Etats-Unis jusqu’en 1976).
La défaite somalienne dans la guerre de l’Ogaden entraîne le régime de Siyad Barre dans une crise politique et financière tout au long des années 1980. Des mouvements armés d’opposition, soutenus par l’Ethiopie, combattent le régime somalien, et les combats entre les rebelles et l’armée somalienne atteignent leur paroxysme en 1988 avec le bombardement intensif de la ville d’Hargeisa (capitale du Somaliland), rasée à 90%. A la veille de la chute de Siyad Barre, son régime, réduit aux fidèles de son sous-clan, ne contrôle guère plus qu’un quartier de Mogadiscio (d’où le surnom de Siyad Barre, « maire de Mogadiscio »).
En 1991, après le renversement du régime de Siyad Barre, les nombreuses milices claniques qui s’étaient opposées à Siyad Barre s’entre-déchirent. Les ambitieuses interventions internationales de 1992 à 1995 (ONUSOM I et II, UNITAF) furent victimes de leur impréparation et des dynamiques complexes de luttes entre milices claniques. A partir de 1993, la traque du général Aidiid (responsable d’une attaque ayant entraîné la mort de 24 casques bleus pakistanais) par les Etats-Unis et l’ONU, qui bénéficiait alors d’un réel soutien populaire, discrédite à la fois ONUSOM et les troupes américaines (qui menaient la force internationale UNITAF). En mars 1995, les derniers éléments d’ONUSOM II se retirent, les troupes américaines ayant opéré leur retrait dès 1994.
A partir de 1995, et jusqu’en 2001, la Somalie est livrée à elle-même. Le pays, et surtout sa capitale, Mogadiscio, est dominé par des chefs de guerre dont les ressorts sont plus mafieux que claniques. Au Nord, le Somaliland avait déclaré unilatéralement son indépendance en mai 1991 (non reconnue par la communauté internationale), séparant sa destinée de la Somalie du Sud. La province voisine du Puntland déclare son autonomie en 1998. De nombreuses tentatives de résolution de la crise échouent au début des années 2000.
En avril 2006, des affrontements à Mogadiscio opposent des miliciens des tribunaux islamiques aux seigneurs de guerre. Les milices islamistes défont les troupes des seigneurs de guerre et prennent le contrôle de Mogadiscio en juin 2006. La coalition islamiste se dote de structures politiques, regroupée au sein du Conseil Suprême des Tribunaux Islamiques. Très vite, parallèlement aux négociations engagées entre le GFT et les Tribunaux islamiques, les Islamistes étendent leur contrôle sur l’essentiel du sud du pays. Le GFT est retranché dans la ville de Baidoa, protégé par l’armée éthiopienne. Fin décembre 2006, l’armée éthiopienne intervient pour repousser une offensive des milices des Tribunaux islamiques sur Baidoa. En une semaine, les milices loyales au gouvernement, soutenues par l’armée éthiopienne, reprennent le sud de la Somalie et la capitale, que les milices des Tribunaux islamiques fuient sans combattre.
Le GFT, soutenu par une présence importante de troupes éthiopiennes, n’a jamais pu affirmer son autorité sur le Sud de la somalie. Immédiatement après la chute des Tribunaux islamiques, une insurrection formée principalement d’ex-membres des Tribunaux islamiques, Al Shabaab, rejointe progressivement par les Somaliens s’opposant à la présence éthiopienne, a contesté son autorité. Cette insurrection a adopté dans un premier temps une stratégie de lutte urbaine dans la capitale (utilisation d’engins explosifs improvisés, voitures piégées, assassinats ciblés, attentats suicides), avant d’étendre ses actions en province.
Le processus politique, dans l’impasse complète à la fin 2007, a été revigoré début 2008 par le volontarisme du Représentant Spécial du Secrétaire Général des Nations Unies pour la Somalie, Ahmedou Ould Abdallah, qui a su s’appuyer sur le pragmatisme du Premier ministre somalien Nur Adde pour ouvrir des négociations entre le GFT et l’Alliance pour la Re-libération de la Somalie (ARS), groupe d’opposition à dominante islamiste formé à Asmara en septembre 2007. Ces négociations ont abouti à la signature de l’Accord de Djibouti en août 2008 entre le GFT et l’ARS, première étape vers l’élection en janvier 2009 par le parlement somalien élargi aux membres de l’ARS d’un nouveau président d’Union Nationale, l’ancien dirigeant des Tribunaux islamiques, Sheikh Sharif Ahmed. Fin février 2009, le nouveau président nommait un gouvernement d’union nationale composé de ministres issus du GFT et de l’ARS, confirmant sa volonté de compromis. Ce gouvernement est soutenu par l’ensemble de la communauté internationale et tente de mener une politique de réconciliation, dialoguant avec toutes les parties, y compris les mouvements islamistes radicaux.
La transition initiée par les Accords de Djibouti aurait dû prendre fin le 20 août 2011. Une crise interinstitutionnelle (gouvernement contre parlement) a accaparé les discussions politiques pendant tout le printemps, avec l’entremise parfois nuisible des pays de la région. L’Accord signé en juin 2011 à Kampala par les principaux protagonistes institutionnels (Président, Président du Parlement), sous l’égide du Président ougandais et du RSSGNU, a permis une extension d’un an de cette période jusqu’au 20 août 2012.
Le gouvernement fédéral de transition est aujourd’hui très fragilisé par ses divisions internes, qui ne favorisent pas le dialogue avec les groupes susceptibles de rejoindre le processus de Djibouti.