La Corne de l’Afrique a toujours été un carrefour culturel et commercial entre l’Afrique et l’Asie et en particulier l’Arabie. Les sultans afars d’Obock et de Tadjourah sont au pouvoir lorsque les Français arrivent en 1862. Après avoir négocié avec les sultans le droit de s’installer, ils achetèrent le site moyennant 10 000 thalers.
Le territoire devient une colonie sous le nom de « Côte Française des Somalis » puis « Territoire Français des Afars et des Issas » en 1967. Après trois décennies de revendication et de contestation animée par la LPAI (Ligue Populaire Africaine pour l’Indépendance), un référendum est organisé le 8 mai 1977. La majorité de la population du territoire vote pour l’indépendance.
Le pays accède à l’indépendance le 27 juin 1977 sous le nom de République de Djibouti et Hassan Gouled Aptidon est désigné comme premier Président du pays. Un parti unique, le RPP (Rassemblement Pour le Progrès) dirige alors les affaires du pays.
Une rébellion armée se déclenche en 1991 dans le nord du pays ; les Afars accusant le gouvernement, composé d’Issas, de favoriser cette ethnie. Le gouvernement de Hassan Gouled se résoud à faire des concessions. Une nouvelle Constitution est adoptée en 1992 - qui introduit le multipartisme en République de Djibouti - et un accord de paix est signé en 1994 entre le gouvernement et le FRUD (Front pour la Restauration de l’Unité et de la Démocratie). Un nouvel accord est conclu entre le gouvernement et la fraction du FRUD - armé, le 12 mai 2001.
Des élections présidentielles se déroulent en mai 1999 à l’issue desquelles Ismail Omar Guelleh est élu président de la République. Le 8 avril 2005, le président Ismail Omar Guelleh est seul candidat à sa propre succession après le refus de l’opposition de participer au scrutin. Il est réélu pour un troisième mandat le 8 avril 2011.