سائوتومه و پرینسیپ را در سال ۱۷۷۱ پرتغالی‌ها کشف و در آن تا اواخر قرن ۱۸ سکونت کردند. با کشت نیشکر و قهوه و کاکائو بوسیله بردگان کارگر منافع سرشاری نصیب استعمارگران گشت و به تنهایی جزیره سائوتومه بزرگترین تولیدکننده کاکائو در ۱۹۰۸ بود. تولید فراورده‌های کشاورزی آن هنوز از اهمیت بسیار برخوردار است. در اوائل سده بیستم، کشتزارهای این جزایر به دلیل بیگاری کشیدن از کارگران بدنام بود. در ۱۹۵۳ جنبش‌های آزادیخواهانه درین سرزمین‌ها ضد پرتغالی‌ها در گرفت که منتهی بکشته شدن چند صد آفریقایی گشت. در ۱۹۴۷ پرتغال بساط امپراطوری فرادریای خود را برچید و در ۱۲ ژوئیه ۱۹۷۵ سائوتومه و پرینسیپ دارای استقلال و حکوت جمهوری گردید.
در ۱۹۸۸ تهاجم و کودتایی با شکست روبرو گشت. مشکلات اقتصادی موجب شده‌است که این کشور وابستگی‌اش را به شوروی کاهش دهد و در ۱۹۹۰ جنبش آزادیبخش سائوتومه و پرنسیپ مارکسیسم را رها کرد. در ژانویهٔ ۱۹۹۱ حزب مخالف همبستگی دموکراتیک در انتخابات چندحزبی پیروز شد.