في يوليو 1961 شن الحزب الأفريقي لاستقلال غينيا بيساو والرأس الاخضر حرب عصابات ضد الحكم البرتغالي.
و في 20 يناير 1973 اغتال منشقون في الحزب الأفريقي زعيم الحزب اميلكار كابرال. واعلن الحزب الأفريقي من جانب واحد استقلال غينيا بيساو.
أعلن رسميا في 10 سبتمبر 1974 عن قيام الدولة وتولى لويس شقيق اميلكار كابرال الرئاسة. وفي 14 نوفمبر 1980 - أطاح خواو برنادو فييرا بالرئيس لويس كابرال وتولى السلطة مجلس ثوري يهيمن عليه الجيش.
أجريت انتخابات رئاسية وبرلمانية متعددة الأحزاب في اغسطس 1994. فاز فييرا في انتخابات الرئاسة ضد منافسه كومبا يالا. ابتليت غينيا بيساو بالانقلابات العسكرية والاضطرابات السياسية منذ نالت استقلالها عن البرتغال عام 1974.
تصاعدت حدة التوترات بين المؤسسة السياسية في بيساو وقوات الأمن وفي أوائل يناير 2009 حيث أعلنت قيادة القوات المسلحة أن أفراد مليشيا مكلفين بحماية الرئيس فييرا أطلقوا النار على رئيس أركان القوات المسلحة الذي كان ينتقد فييرا. اعلن في غينيا بيساو رسميا عن مقتل الرئيس جواو برناردو فييرا صباح يوم الاثنين 2 مارس 2009 على يد عسكريين، بعد ساعات من اغتيال رئيس هيئة أركان الجيش الجنرال تاجمي نا واي في هجوم على مقر قيادة الجيش أعقبه انفجار وإطلاق نار.
في 7 مايو 1999 أطاح جنود بفييرا في خلاف حول تطبيق الفترة الانتقالية.
و في 28 نوفمبر 1999 أجريت انتخابات رئاسية. يالا يفوز بأغلبية الاصوات في الجولة الأولى وجاء بعده زعيم الحزب الأفريقي مالام باكاي سانها الذي قاد فترة انتقالية قصيرة. ثم يفوز يالا على سانها في جولة الإعادة التي اجريت في يناير عام 2000.
في 14 سبتمبر 2003 الجنرال فريسيمو كوريا سيابرا رئيس هيئة اركان الجيش يعلن نفسه رئيسا مؤقتا بعد أن هيمن الجيش على السلطة واعدا بإعادة النظام الدستوري بعد تأجيل متكرر للانتخابات. واستقال يالا رسميا بعد ثلاثة أيام.
في 28 يوليو 2005 إعلان فوز الحاكم العسكري السابق فييرا في جولة الإعادة التي اجريت في 24 يوليو على مالام باكاي سانها من الحزب الأفريقي. ورفض انصار سانها النتائج وان قبلها فيما بعد الحزب الأفريقي.
في 2 نوفمبر 2006 الرئيس فييرا يعين حليفه المقرب ارستيديس جوميس رئيسا للوزراء بعد أن اقال حكومة منافسه السياسي كارول جوميس الابن في 28 أكتوبر.
في 29 مارس 2007 استقالة ارستيديس جوميس من رئاسة الحكومة بعد أن تحالفت ثلاثة أحزاب رئيسية منها الحزب الأفريقي ضده وسحبت الثقة من حكومته ووقعت "معاهدة الاستقرار."
في 29 فبراير 2008 سحب الحزب الأفريقي تأييده لرئيس الوزراء مارتينو ندافا كابي في خروج على معاهدة الاستقرار الموقعة قبل عام. في 27 يوليو الحزب الأفريقي المعارض يعلن انسحابه من حكومة وحدة وطنية بعد اقالة ممثلي الحزب من مناصب مالية رفيعة. في 6 اغسطس وقف العميد البحري خوسيه أمريكيو بوبو نا تشوتو قائد البحرية وتحديد اقامته في منزله.
في 13 إبريل 2012 استولى جنود على مقر الإذاعة الوطنية ومقر الحزب الحاكم في البلاد, وجرت اشتباكات مسلحة بالقرب من مقر إقامة رئيس الوزراء المنتهية ولايته، كارلوس غوميز جونيور.